Des germes mortels, des remèdes perdus : Une infection mystérieuse, couvrant le globe en secret

En mai dernier, un homme âgé a été admis à l’hôpital Mount Sinai de Brooklyn pour une chirurgie abdominale. Un test sanguin a révélé qu’il avait été infecté par un nouveau germe aussi mortel que mystérieux.

Les médecins l’ont rapidement isolé dans l’unité de soins intensifs. Le germe, un champignon appelé Candida auris, s’attaque aux personnes dont le système immunitaire est affaibli, et il se propage tranquillement dans le monde entier.

Au cours des cinq dernières années, il a frappé une unité néonatale au Venezuela, balayé un hôpital en Espagne, forcé un prestigieux centre médical britannique à fermer son unité de soins intensifs et s’est implanté en Inde, au Pakistan et en Afrique du Sud .

Récemment, C. auris a atteint New York, le New Jersey et l’Illinois, ce qui a conduit les Centers for Disease Control and Prevention fédéraux à l’ajouter à une liste de germes considérés comme des « menaces urgentes ».

L’homme du mont Sinaï est mort après 90 jours à l’hôpital, mais pas C. auris. Les tests ont montré qu’elle était partout dans sa chambre, si envahissante que l’hôpital avait besoin d’un équipement de nettoyage spécial et a dû arracher une partie du plafond et des carreaux de sol pour l’éliminer.

« Tout était positif – les murs, le lit, les portes, les rideaux, les téléphones, l’évier, le tableau blanc, les poteaux, la pompe « , dit le Dr Scott Lorin, président de l’hôpital. « Le matelas, les côtés de lit, les trous pour les bidons, les stores, le plafond, tout dans la chambre était positif. »

C. auris est si tenace, en partie parce qu’il est imperméable aux principaux antifongiques, ce qui en fait un nouvel exemple de l’une des menaces sanitaires les plus insolubles au monde : l’augmentation des infections résistantes aux médicaments.

Pendant des décennies, les experts en santé publique ont averti que la surutilisation des antibiotiques réduisait l’efficacité des médicaments qui ont prolongé la durée de vie en guérissant les infections bactériennes qui étaient autrefois souvent mortelles. Mais dernièrement, il y a eu aussi une explosion de champignons résistants, ajoutant une dimension nouvelle et effrayante à un phénomène qui mine un pilier de la médecine moderne.

« C’est un énorme problème « , a déclaré Matthew Fisher, professeur d’épidémiologie fongique à l’Imperial College de Londres, coauteur d’une étude scientifique récente sur la montée des champignons résistants. « Nous dépendons de notre capacité à traiter ces patients avec des antifongiques. »

En termes simples, les champignons, tout comme les bactéries, sont des défenses évolutives pour survivre aux médicaments modernes.

Pourtant, alors même que les dirigeants mondiaux de la santé ont plaidé en faveur d’une plus grande modération dans la prescription de médicaments antimicrobiens pour combattre les bactéries et les champignons – convoquant l’Assemblée générale des Nations Unies en 2016 pour gérer une crise émergente – leur utilisation excessive dans les hôpitaux, les cliniques et les fermes a continué.

Les germes résistants sont souvent appelés  » superbactéries « , mais c’est simpliste parce qu’ils ne tuent généralement pas tout le monde. Ils sont plutôt plus mortels pour les personnes dont le système immunitaire est immature ou compromis, y compris les nouveau-nés et les personnes âgées, les fumeurs, les diabétiques et les personnes atteintes de troubles auto-immuns qui prennent des stéroïdes qui suppriment les défenses de l’organisme.

Les scientifiques affirment qu’à moins que de nouveaux médicaments plus efficaces ne soient mis au point et que l’utilisation inutile de médicaments antimicrobiens ne soit fortement réduite, le risque se propagera à des populations en meilleure santé. Une étude financée par le gouvernement britannique prévoit que si des politiques ne sont pas mises en place pour ralentir l’augmentation de la résistance aux médicaments, 10 millions de personnes dans le monde pourraient mourir de toutes ces infections en 2050, éclipsant les huit millions de personnes qui devraient mourir cette année-là du cancer.

Aux États-Unis, deux millions de personnes contractent chaque année des infections résistantes et 23 000 en meurent, selon les estimations officielles du C.D.C.. Ce chiffre est basé sur les chiffres de 2010 ; des estimations plus récentes de chercheurs de l’École de médecine de l’Université de Washington évaluent le nombre de décès à 162 000. On estime à 700 000 le nombre de décès dus à des infections résistantes dans le monde.

Les antibiotiques et les antifongiques sont tous deux essentiels pour combattre les infections chez l’homme, mais les antibiotiques sont aussi largement utilisés pour prévenir les maladies chez les animaux d’élevage et les antifongiques sont également appliqués pour empêcher les plantes agricoles de pourrir. Certains scientifiques citent des preuves que l’utilisation généralisée de fongicides sur les cultures contribue à l’augmentation du nombre de champignons résistants aux médicaments qui infectent les humains.

Pourtant, à mesure que le problème prend de l’ampleur, il est mal compris par le public – en partie parce que l’existence même des infections résistantes est souvent occultée.

Avec les bactéries et les champignons, les hôpitaux et les gouvernements locaux sont réticents à divulguer les épidémies de peur d’être considérés comme des foyers d’infection. Même le C.D.C., en vertu de son entente avec les États, n’est pas autorisé à rendre public l’emplacement ou le nom des hôpitaux impliqués dans les éclosions. Dans de nombreux cas, les gouvernements des États ont refusé de partager publiquement l’information sans reconnaître qu’ils avaient eu des cas.

Pendant tout ce temps, les germes se propagent facilement – transportés par les mains et l’équipement à l’intérieur des hôpitaux ; transportés par ferry sur de la viande et du fumier – légumes fertilisés à la ferme ; transportés à travers les frontières par les voyageurs, les exportations et les importations ; et transférés par les patients de maison de repos à hôpital et retour.

C. auris, qui a infecté l’homme au mont Sinaï, est l’une des dizaines de bactéries et champignons dangereux qui ont développé une résistance. Pourtant, comme la plupart d’entre eux, il s’agit d’une menace pratiquement inconnue du public.

D’autres souches importantes du champignon Candida – l’une des causes les plus courantes d’infections de la circulation sanguine dans les hôpitaux – n’ont pas développé de résistance significative aux médicaments, mais plus de 90 % des infections à C. auris sont résistantes à au moins un médicament et 30 % sont résistantes à deux médicaments ou plus, selon le CCD.

Le Dr Lynn Sosa, épidémiologiste adjointe de l’État du Connecticut, a déclaré qu’elle considérait maintenant C. auris comme la menace « la plus importante » parmi les infections résistantes. « C’est à peu près imbattable et difficile à identifier « , dit-elle.

Près de la moitié des patients qui contractent C. auris meurent dans les 90 jours, selon le C.D.C. Pourtant, les experts mondiaux n’ont pas encore trouvé d’où il vient.

« Il s’agit d’une créature du lagon noir « , a déclaré le Dr Tom Chiller, qui dirige la branche fongique du C.D.C., qui est à la tête d’un effort de détection mondial pour trouver des traitements et arrêter la propagation. « Il a bouillonné et maintenant il est partout. »

Il n’est pas nécessaire de le dire au public.

Fin 2015, le Dr Johanna Rhodes, spécialiste des maladies infectieuses à l’Imperial College de Londres, a reçu un appel de panique du Royal Brompton Hospital, un centre médical britannique situé hors de Londres. C. auris y avait pris racine des mois plus tôt, et l’hôpital n’a pas pu le nettoyer.

« Nous n’avons aucune idée d’où ça vient. On n’en a jamais entendu parler. Elle s’est propagée comme une traînée de poudre « , a dit le Dr Rhodes. Elle a accepté d’aider l’hôpital à identifier le profil génétique du champignon et à nettoyer les chambres.

Sous sa direction, le personnel hospitalier a utilisé un dispositif spécial pour pulvériser du peroxyde d’hydrogène en aérosol autour d’une pièce utilisée pour un patient atteint de C. auris, la théorie étant que la vapeur récurerait chaque coin et recoin. Ils ont laissé l’appareil en marche pendant une semaine. Ensuite, ils placent une  » assiette de décantation  » au milieu de la pièce avec un gel au fond qui servirait d’endroit pour la croissance des microbes survivants, a dit le Dr Rhodes.

Un seul organisme a repoussé. C. auris.

Ça se répandait, mais ce n’était pas le cas. L’hôpital, un centre spécialisé dans les maladies pulmonaires et cardiaques qui attire des patients fortunés du Moyen-Orient et d’Europe, a alerté le gouvernement britannique et en a informé les patients infectés, mais n’a fait aucune annonce publique.

« Il n’était pas nécessaire de diffuser un communiqué de presse pendant l’épidémie « , a déclaré Oliver Wilkinson, un porte-parole de l’hôpital.

Cette panique feutrée se répand dans les hôpitaux du monde entier. Les institutions individuelles et les gouvernements nationaux, étatiques et locaux ont été réticents à rendre publiques les flambées d’infections résistantes, arguant qu’il ne sert à rien d’effrayer les patients – ou les futurs patients.

Le Dr Silke Schelenz, spécialiste des maladies infectieuses chez Royal Brompton, a trouvé le manque d’urgence du gouvernement et de l’hôpital aux premiers stades de l’épidémie « très, très frustrant ».

« De toute évidence, ils ne voulaient pas perdre leur réputation « , a déclaré le Dr Schelenz. « Cela n’a pas eu d’impact sur nos résultats chirurgicaux. »

Fin juin 2016, un article scientifique faisait état d' » une éclosion continue de 50 cas de C. auris  » au Royal Brompton, et l’hôpital a pris une mesure extraordinaire : Il a fermé son unité de soins intensifs pendant 11 jours, déplaçant les patients en soins intensifs à un autre étage, encore une fois sans annonce.

Quelques jours plus tard, l’hôpital a finalement reconnu à un journal qu’il avait un problème. Un titre du Daily Telegraph mettait en garde : « L’unité de soins intensifs est fermée après l’apparition d’une nouvelle superbactérie mortelle au Royaume-Uni. » (Des recherches ultérieures ont révélé qu’il y a finalement eu 72 cas au total, bien que certains patients n’aient été que porteurs et n’aient pas été infectés par le champignon).

Pourtant, la question est restée peu connue au niveau international, alors qu’une flambée encore plus grave s’était déclarée à Valence, en Espagne, à l’hôpital Universitari i Politècnic La Fe, qui compte 992 lits. Là, à l’insu du public ou des patients non affectés, 372 personnes ont été colonisées – c’est-à-dire qu’elles avaient le germe sur leur corps mais n’en étaient pas malades – et 85 ont développé des infections du sang. Selon un article paru dans la revue Mycoses, 41 % des patients infectés sont décédés dans les 30 jours.

Une déclaration de l’hôpital dit que ce n’est pas nécessairement C. auris qui les a tués. « Il est très difficile de discerner si les patients meurent du pathogène ou avec lui, car ce sont des patients atteints de nombreuses maladies sous-jacentes et dans un état général très grave « , dit le communiqué.

Comme pour Royal Brompton, l’hôpital en Espagne n’a pas fait d’annonce publique. Il ne l’a toujours pas fait.

Un auteur de l’article dans Mycoses, un médecin de l’hôpital, a déclaré dans un courriel que l’hôpital ne voulait pas qu’il parle aux journalistes parce qu’il « est préoccupé par l’image publique de l’hôpital ».

Le secret exaspère les défenseurs des droits des patients, qui disent que les gens ont le droit de savoir s’il y a une éclosion pour pouvoir décider s’ils doivent aller à l’hôpital, surtout lorsqu’il s’agit d’une question non urgente, comme une chirurgie élective.

« Pourquoi diable lisons-nous une épidémie près d’un an et demi plus tard – et n’en faisons-nous pas la une des journaux le lendemain du jour où elle s’est produite « , a déclaré le Dr Kevin Kavanagh, médecin du Kentucky et président du conseil de Health Watch USA, un groupe sans but lucratif de défense des patients. « Vous ne toléreriez pas ça dans un restaurant avec une intoxication alimentaire. »

Les responsables de la santé affirment que la divulgation des éclosions effraie les patients au sujet d’une situation à laquelle ils ne peuvent rien faire, en particulier lorsque les risques ne sont pas clairs.

« Il est déjà assez difficile pour les fournisseurs de soins de santé de s’y retrouver avec ces organismes « , a déclaré la Dre Anna Yaffee, une ancienne enquêtrice du C.D.C. qui s’est occupée des éclosions d’infections résistantes dans le Kentucky où les hôpitaux n’ont pas été rendus publics. « C’est vraiment impossible de faire passer un message au public. »

Les autorités de Londres ont alerté le C.D.C. de l’éclosion de la maladie de Brompton pendant qu’elle se produisait. Et le C.D.C. a réalisé qu’il devait passer le mot aux hôpitaux américains. Le 24 juin 2016, le C.D.C. a lancé un avertissement national aux hôpitaux et aux groupes médicaux et a créé une adresse électronique, candidaauris@cdc.gov, pour répondre aux demandes de renseignements. Le Dr Snigdha Vallabhaneni, un membre clé de l’équipe de lutte contre les champignons, s’attendait à recevoir un filet d’eau – « peut-être un message tous les mois ».

Au lieu de cela, en quelques semaines, sa boîte de réception a explosé.

Pour venir en Amérique

Aux Etats-Unis, 587 cas de personnes ayant contracté C. auris ont été signalés, dont 309 à New York, 104 au New Jersey et 144 en Illinois, selon le C.D.C.

Les symptômes – fièvre, douleurs et fatigue – sont apparemment ordinaires, mais lorsqu’une personne est infectée, en particulier une personne déjà en mauvaise santé, ces symptômes courants peuvent être mortels.

Le premier cas connu aux États-Unis concernait une femme qui est arrivée dans un hôpital de New York le 6 mai 2013 pour y recevoir des soins pour insuffisance respiratoire. Elle avait 61 ans et venait des Émirats arabes unis, et elle est morte une semaine plus tard, après avoir été testée positive pour ce champignon. À l’époque, l’hôpital n’y avait pas beaucoup réfléchi, mais trois ans plus tard, il a envoyé le cas au C.D.C. après avoir lu l’avis de juin 2016 de l’agence.

Cette femme n’était probablement pas la première patiente de C. auris en Amérique. Elle portait une souche différente de la souche sud-asiatique la plus commune ici. Il a tué une Américaine de 56 ans qui s’était rendue en Inde en mars 2017 pour une chirurgie abdominale élective, avait contracté C. auris et avait été ramenée par avion dans un hôpital du Connecticut que les autorités ne peuvent identifier. Elle a ensuite été transférée dans un hôpital du Texas, où elle est morte.

Le germe s’est propagé dans les établissements de soins de longue durée. À Chicago, 50 pour cent des résidents de certains foyers de soins infirmiers ont obtenu un résultat positif, selon le C.D.C.. Le champignon peut se développer sur les lignes intraveineuses et les ventilateurs.

Les travailleurs qui soignent des patients infectés par C. auris s’inquiètent pour leur propre sécurité. Le Dr Matthew McCarthy, qui a traité plusieurs patients atteints de C. auris au Weill Cornell Medical Center de New York, a décrit une peur inhabituelle lorsqu’il a traité un homme de 30 ans.

« Je ne voulais pas le toucher », a-t-il dit. « Je ne voulais pas le prendre au type et l’apporter à quelqu’un d’autre. » Il a fait son travail et a examiné le patient à fond, mais il a dit :  » Il y avait un sentiment accablant d’avoir peur de le ramasser accidentellement sur une chaussette, une cravate ou une blouse « .

Le rôle des pesticides ?

Alors que le C.D.C. s’efforce de limiter la propagation de C. auris résistant aux médicaments, ses chercheurs ont tenté de répondre à cette question délicate : D’où est-ce que ça vient ?

La première fois que les médecins ont rencontré C. auris, c’était dans l’oreille d’une femme au Japon en 2009 (auris signifie oreille en latin). Il semblait inoffensif à l’époque, un cousin des infections fongiques courantes et faciles à traiter.

Trois ans plus tard, il est apparu dans un résultat de test inhabituel dans le laboratoire du Dr Jacques Meis, microbiologiste à Nimègue, aux Pays-Bas, qui analysait une infection du système sanguin chez 18 patients de quatre hôpitaux en Inde. Bientôt, de nouvelles grappes de C. auris semblaient apparaître chaque mois dans différentes parties du monde.

Les chercheurs du C.D.C. ont émis l’hypothèse que C. auris a commencé en Asie et s’est répandu dans le monde entier. Mais lorsque l’agence a comparé l’ensemble du génome d’échantillons d’auris provenant d’Inde et du Pakistan, du Venezuela, d’Afrique du Sud et du Japon, elle a constaté que son origine n’était pas un lieu unique, et qu’il n’y avait pas une seule souche d’auris.

Le séquençage du génome a montré qu’il existait quatre versions distinctes du champignon, avec des différences si profondes qu’elles suggéraient que ces souches avaient divergé il y a des milliers d’années et qu’elles étaient devenues des pathogènes résistants à des souches environnementales inoffensives dans quatre endroits différents en même temps.

« D’une manière ou d’une autre, il a fait un bond presque simultanément, et il semble s’être propagé et il est résistant aux médicaments, ce qui est vraiment ahurissant « , a dit le Dr Vallabhaneni.

Il existe différentes théories sur ce qui s’est passé avec C. auris. Le Dr Meis, le chercheur néerlandais, a déclaré qu’il croyait que des champignons résistants aux médicaments se développaient grâce à l’utilisation massive de fongicides sur les cultures.

Le Dr Meis a été intrigué par les champignons résistants lorsqu’il a entendu parler du cas d’un patient de 63 ans aux Pays-Bas qui est mort en 2005 d’un champignon appelé Aspergillus. Il s’est avéré résistant à un traitement antifongique de première ligne appelé itraconazole. Ce médicament est une copie virtuelle des pesticides azole qui sont utilisés pour épousseter les cultures dans le monde entier et qui représentent plus du tiers de toutes les ventes de fongicides.

Un article publié en 2013 dans Plos Pathogens dit que ce n’est pas une coïncidence si l’Aspergillus résistant aux médicaments est apparu dans l’environnement où les fongicides azole ont été utilisés. Le champignon est apparu dans 12 pour cent des échantillons de sol néerlandais, par exemple, mais aussi dans « les parterres de fleurs, le compost, les feuilles, les graines de plantes, les échantillons de sol des jardins de thé, les rizières, les environs des hôpitaux et les échantillons aériens des hôpitaux ».

Le Dr Meis a visité le C.D.C. l’été dernier pour partager ses travaux de recherche et formuler la théorie que la même chose se produit avec C. auris, qui se trouve également dans le sol : Les azoles ont créé un environnement si hostile que les champignons évoluent, avec des souches résistantes qui survivent.

Cette situation s’apparente aux préoccupations selon lesquelles des bactéries résistantes se développent en raison de l’utilisation excessive d’antibiotiques chez les animaux d’élevage pour favoriser la santé et la croissance. Comme pour les antibiotiques chez les animaux de ferme, les azoles sont largement utilisés sur les cultures.

« Sur tout – pommes de terre, haricots, blé, tout ce qui vous vient à l’esprit, tomates, oignons « , a déclaré le Dr Rhodes, le spécialiste des maladies infectieuses qui a travaillé sur l’épidémie de London. « Nous conduisons cela avec l’utilisation d’antifongiques sur les cultures. »

Le Dr Chiller a émis l’hypothèse que C. auris pourrait avoir bénéficié de la forte utilisation de fongicides. Son idée est que C. auris existe depuis des milliers d’années, caché dans les crevasses du monde, un insecte pas particulièrement agressif. Mais lorsque les azoles ont commencé à détruire les champignons les plus répandus, une occasion s’est présentée pour C. auris d’entrer dans la brèche, un germe qui avait la capacité de résister facilement aux fongicides et qui convient maintenant à un monde dans lequel les champignons moins capables de résister sont attaqués.

Le mystère de l’émergence de C. auris reste entier, et son origine semble, pour l’instant, être moins importante que l’arrêt de sa dissémination.

Résistance et déni

Pour l’instant, l’incertitude autour de C. auris a conduit à un climat de peur, et parfois de déni.

Au printemps dernier, Jasmine Cutler, 29 ans, est allée rendre visite à son père, âgé de 72 ans, dans un hôpital de New York, où il avait été admis en raison de complications liées à une intervention chirurgicale le mois précédent.

Quand elle est arrivée dans sa chambre, elle a découvert qu’il était assis depuis au moins une heure dans un fauteuil inclinable, dans ses propres excréments, parce que personne n’était venu quand il avait demandé de l’aide pour aller aux toilettes. Mme Cutler dit qu’il est devenu clair pour elle que le personnel avait peur de le toucher parce qu’un test avait montré qu’il était porteur de C. auris.

« J’ai vu des médecins et des infirmières regarder par la fenêtre de sa chambre, dit-elle. « Mon père n’est pas un cobaye. Tu ne vas pas le traiter comme un monstre de foire. »

Il a finalement été congédié et on lui a dit qu’il ne portait plus le champignon. Mais il a refusé d’être nommé, disant qu’il craignait d’être associé à cette effrayante infection.

Source: The New York Times

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